Существует множество версий о происхождении капоэйры. Одни источники говорят, что прототипом капоэйры , был танец зебр, распространённый среди племен центральной Африки, другие утверждают, что капоэйра, это синтез культуры и верований местных, бразильских индейцев.
И все же основная версия происхождения капоэйры уходит своими корнями на "черный континент", в Африку.
В 1500 году португальцы высадились на берегах Бразилии. Перед ними остро встал вопрос, о том, кого использовать в качестве рабов, для освоения вновь завоёванной территории. Местные индейцы, которых португальцы пробовали использовать в качестве рабов, были слишком слабыми и часто умирали. Было решено начать ввоз рабов из Африки.
 Рабов из разных племен селили вместе в одних бараках, каждое племя принесло с собой часть своей истории и культуры. Культуры разных племен через некоторое время начали сливаться в единое целое. Этот синтез и дал впоследствии основу капоэйры. Рабовладельцы постоянно притесняли и унижали рабов, и рабам было необходимо обезопасить себя от этого. Именно по этой причине рабы начали создавать боевую систему, которая должна была сочетать боевую технику и возможность замаскировать от своих хозяев тренировки.
Многим рабам удавалось сбежать от своих хозяев, и для того чтобы выжить на незнакомой им земле, они были вынуждены организовывать целые поселения беглых рабов, которые назывались "киломбуш".Это были своеобразные "государства в государстве".Там имелась своя иерархия и экономические отношения. На такие поседения часто нападали войска португальцев и полиция. В этот период капоэйра для рабов была единственным шансом противостоять постоянным нападениям.
 После отмены рабства в 1888 году, огромное количество бывших рабов, получили свободу, но как это часто бывает при необдуманных реформах не получили возможности работать, из-за этого огромная толпа бывших рабов была вынуждена пойти по криминальному пути, из за отсутствия рабочих мест. На улицах, в больших городах Бразилии начали происходит разбои, часто сопряженные с убийствами. В этот период слово Капоэйрист стало синонимом слова вор, грабитель и бандит. Власти объявили капоэйру вне закона .Сохранились полицейские отчеты, в которых говорилось о неком капоэйристе по имени Бизору(Besouro), который избивал в одиночку целый отряд полиции, отбирал у них оружие и относил в полицейски участок, чтобы поиздеваться над слабостью властей. Он стал легендой среди капоэйристов. Поговаривали, что он "Корпу фешаду" ,то есть неуязвимый. Говорят, что его убили заговоренным деревянным кинжалом, когда он выходил из бара, но это конечно базируется только на народной молве.
Несмотря ни на что мастера капоэйры ,продолжали тайно собираться со своими учениками и обучали их этому древнему искусству. Именно тогда появилась традиция давать второе, капоэйристическое имя, сохранившаяся по сей день. Капоэйристическое имя использовалось человеком во время тренировок и Роды, для конспирации от полиции.
 Также в тот период в капоэйре стал использоваться беримбао, который тоже имел цель ввести в заблуждение полицию. Когда во время Роды неожиданно приезжала полиция, музыканты начинали играть специальный ритм Cavalaria (Кавалариа), это было сигналом для игроков и зрителей разбегаться, а те кто по каким то причинам оставались на месте Роды, просто начинали танцевать вполне безобидный танец.
В 1930 году, в результате военного переворота ослабли гонения на капоэйристов и у них появилась возможность больше не скрывать свои занятия.
 Надо сказать, что до 30-х годов XX века не было какой то конкретной программы изучении техники. Всему учились непосредстве нно в Роде. Мастер Бимба(Mestre Bimba),- настоящее имя Мануэль Дос Рейш Машаду ,который являлся создателем стиля Capoeira Regional (региональный стиль Баии), открыл в 1932 году первую официальную академию капоэйры, в которой он преподавал капоэйру по специальной, им разработанной методике. Он также первый стал использовать цветные пояса для обозначения уровня ученика.
Но школа Мастера Бимбы было инновацией в мире капоэйры, первой же школой истинно традиционной капоэйры, получившей в дальнейшем название Capoeira Angola, стала школа Мастера Паштиньи (Mestre Pastinha), открытая в 1941 году. Паштинья был первым кто ввел форму в капоэйру. Ученики его школы носили черные брюки и желтые майки- цвета, как ни странно любимой футбольной команды мастера -Ypiranga.
 Бимба и Паштинья это две ключевые фигуры современной капоэйры. Современные капоэйристы чтят память об этих удивительных людях, которые отдали всё для развития капоэйры. Чего стоит лишь тот факт, что после смерти Мастера Бимбы, все школы капоэйры в Бразилии на 7 дней закрылись в знак скорби о нём.
Нет точной информации и о происхождении слова капоэйра (capoeira).Одни источники утверждают, что это слово происходит от названия вида куропатки, отличающейся весьма агрессивным характером, другие говорят о происхождении слова от индейского названия низкой растительности, третьи о том что название пошло от старого испанского слова capoeira, что переводится как танец.